Подскажите, как можно повлиять на данную ситуацию?

Здравствуйте.

Отказ руководителя нарушает ваши права как беременной сотрудницы. Действуйте последовательно.

1. Правовой анализ и ваши права:

Отказ в изменении условий труда. Работодатель обязан по вашему заявлению и на основании медицинского заключения снизить нормы выработки/обслуживания или перевести на другую работу, исключающую воздействие неблагоприятных факторов (ч. 1 ст. 254 ТК РФ). Предлежание плаценты является медицинским показанием для ограничения физических нагрузок и длительных поездок.
Незаконное изменение графика. Если предыдущий график (1 день офис) был закреплен в дополнительном соглашении к трудовому договору, то его изменение возможно только по соглашению сторон (ст. 72 ТК РФ). Одностороннее изменение (на 3 дня офис) незаконно.
Угроза здоровью. Фраза «сиди на больничном или ходи на работу» может быть расценена как давление.
2. Ваш алгоритм действий (самопроверка):

Получите официальный медицинский документ. Обратитесь к гинекологу в женской консультации за справкой или заключением, в котором будет четко указана рекомендация: «Рекомендовано исключить длительные поездки на транспорте и перевести на дистанционный режим работы в связи с диагнозом...». Это ключевой документ.
Напишите письменное заявление на имя работодателя о переводе на дистанционную работу на основании медицинского заключения. Приложите копию справки. Заявление подайте под роспись (второй экземпляр с отметкой о принятии оставьте себе) или отправьте заказным письмом с описью вложения.
В случае отказа или бездействия работодателя (в течение 10 дней) подайте жалобу в Государственную инспекцию труда (ГИТ) и заявление в прокуратуру. Приложите копии заявления и медицинского заключения.
Одновременно вы вправе не посещать офис, так как работодатель создает условия, угрожающие вашему здоровью, и отказывается выполнять законные требования. Риск дисциплинарного взыскания в этом случае минимален, так как вы действуете в рамках закона.

Здравствуйте Марина.

… Как только руководитель узнал что я беременная, сделал мне график: 3 дня офис, 2 дня из дома...

Если указанный режима работы является условием заключённого с Вами трудового договора, изменить данное условие работодатель мог только по основаниям и в порядке прямо предусмотренным законом, иное будет являться нарушением закона и Ваших прав.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

Здравствуйте, Алина.

На просьбу изменить график, сделать мое удаленной формат работы, так как моя работа предусматривает это, руководитель отказался

Уточните, удаленный формат предусмотрен Вашим трудовым договором? 

руководитель заставил поменять график формально: 5 дней офис

 Т.е. Вы подписали доп.соглашение о том, что Вам устанавливается режим рабочего времени 5 — дневная рабочая неделя с исполнением обязанностей по месту нахождения работодателя? 

В силу ст. 72 ТК РФ

Изменение определенных сторонами условий трудового договора, в том числе перевод на другую работу, допускаетсятолько по соглашению сторон трудового договора. Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.

Таким образом, изменение условий трудового договора возможно только с согласия обеих сторон на основании письменного соглашения. Если такое письменное соглашение не подписано обеими сторонами, то ни о каком изменении условий не может быть и речи.

Я нахожусь на 16 неделе беременности, имеется осложнение: предлежание плаценты. 

От дома до работы в одну сторону 36 км, или 2 часа примерно в одну сторону с пересадками.

Для беременных работниц ТК РФ предусмотрены гарантии, предусматривающие перевод на легкий труд.

В силу ст. 254 ТК РФ 

Беременным женщинам в соответствии с медицинским заключением и по их заявлению снижаются нормы выработки, нормы обслуживания либо эти женщины переводятся на другую работу, исключающую воздействие неблагоприятных производственных факторов, с сохранением среднего заработка по прежней работе.

Перевод на легкий труд это снижение норм выработки, норм обслуживания и т.д., т.е. упрощённые задачи, выполнение которых не требует значительных физических или эмоциональных усилий. В медицинском заключении указываются противопоказания и допустимые условия труда. При этом, перевод на легкий труд это не обязательно перевод на другую должность. Снизить нагрузку на работника возможно и на занимаемой им должности, а если это невозможно, то в таком случае необходим перевод работника на другую должность, исключающую вредные факторы.

На основании изложенного, если врач выдаст Вам медицинское заключение об исключении вредных факторов таких, как длительные поездки, то в таком случае Вы вправе подать письменное заявление работодателю с требованием перевести Вас на легкий труд в соответствии с медицинским заключением. Если в удовлетворении Вашего требования будет отказано, обращайтесь с жалобой в трудовую инспекцию и прокуратуру.