Здравствуйте!
Поскольку на приобретение квартиры были направлены средства материнского капитала, то Вы можете обратиться в суд с требованием об определении долей в квартире, приобретенной с помощью средств материнского капитала и признании права собственности на долю в этой квартире в порядке наследования. Если обращение в суд до истечении срока на принятие наследства — то можете обращаться в суд с требованием о включении в состав наследства его доли.
Так, то обстоятельство, что ипотека еще не погашена не препятствует определению долей в судебном порядке, об этом указано в п. 41 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 27.06.2023 N 23 «О применении судами правил о залоге вещей»
Определение долей в праве общей собственности (например, при разделе общего имущества супругов или при определении долей супругов и детей в праве собственности на жилое помещение, приобретенное с использованием средств материнского (семейного) капитала) не требует согласия залогодержателя.
Так, Вы наследник первой очереди, согласно ст. 1142 ГК РФ, как родитель наследодателя.
Долю ребенка необходимо определить с учетом положений п. 13 «Обзора судебной практики по делам, связанным с реализацией права на материнский (семейный) капитал» (утв. Президиумом Верховного Суда РФ 22.06.2016) — соразмерно его доли в материнском капитала по отношению к общей стоимости квартиры.
Так, сначала необходимо определить долю, которую составляют средства материнского капитала, в общей стоимости квартиры, а потом разделить эту долю на всех членов семьи. Полученная доля должны войти в состав наследства.
Согласно ст. 17 Гражданского Кодекса РФ:
Вы не можете наделить умершего сына правом собственности в квартире, и зарегистрировать такое право в ЕГРН не получится, если сын уже умер.
Следовательно, и право наследования не возникает, т.к. наследственного имущества на момент смерти наследодателя не было.
А в чём у Вас возникла проблема?