Сумму в виде налога НДС+НДФЛ "Водоканал" удержит в любом случае, после возврата средств за работу подрядчика

Здравствуйте, Максим.

Основные положения законодательства:
Подключение к централизованной системе водоснабжения регулируется Правилами подключения (технологического присоединения), утверждёнными постановлением Правительства РФ № 83 от 5 февраля 2021 года (взамен Постановления № 1314), а также Федеральным законом № 416-ФЗ «О водоснабжении и водоотведении.

Водоканал может установить плату за подключение, если вы не льготная категория (например, не ИЖС до 15 кВт или 5 кубов, не социальный объект и т.д.).
Сумма определяется по тарифу, утверждённому региональной службой по тарифам (РСТ).
Если 645 тыс. — это плата, утверждённая РСТ, — они имеют право её запрашивать.
Право выбора способа подключения (подрядчик Водоканала или ваш) — у вас есть.
Это закреплено в законодательстве.
Однако при самостоятельном выполнении подключения возврат средств идет только в пределах нормативной стоимости, и он облагается налогами (НДС, НДФЛ), если возврат идет физлицу.
Согласование трассы со смежниками и их вознаграждение — это частные правоотношения, не регулируемые Водоканалом. Их требования и ваши с ними договоренности — отдельно от подключения.

Однако обязательная предварительная оплата полной суммы (645 тыс. руб.) даже при самостоятельном выполнении — это спорный момент.
Закон требует заключения договора о подключении, и в нем действительно может быть прописана обязанность уплаты. Однако:

При выборе самостоятельного способа, должна быть возможность сразу подписать договор с этим условием и избежать предварительной полной оплаты.
Судебная практика показывает, что навязывание авансовой оплаты и потом удержание налогов при возврате — можно оспаривать, особенно если вы физлицо и фактически не воспользовались услугами Водоканала.
Удержание НДФЛ с возврата, если вы физлицо, — действительно существует, так как налоговая рассматривает это как доход, а не возврат понесенных затрат.
Но по логике: если деньги не были „доходом“, а просто возвратом излишне оплаченных средств, то можно заявить налоговый вычет или подать на возврат удержанного НДФЛ.

Запросите разъяснение в письменной форме:
Попросите Водоканал официально объяснить:

— Почему оплата всей суммы обязательна до выбора способа подключения?
— На каком основании при самостоятельном подключении удерживаются налоги?

Можете обратиться в РСТ или УФАС:
Если считаете, что:

— сумма завышена (можно сравнить с аналогичными подключениями),
навязываются услуги,
— нарушается свобода выбора способа подключения —
можно подать жалобу:
В РСТ (региональная служба по тарифам) — по тарифам и обоснованности стоимости;
В УФАС — по признакам злоупотребления доминирующим положением и навязыванию услуг.

Если дойдет до спора, практика показывает:
в случаях, когда физлицо выполнило работы самостоятельно, а „Водоканал“ удержал НДФЛ с возврата, — суды зачастую встают на сторону гражданина, особенно если вы не получали никакую услугу, а просто вернули деньги.