Может ли работодатель отказать в увольнении по собственному желанию из-за служебной проверки?

Пока вы официально не уволены в отношении вас могут проводить проверку касательно установления размера ущерба (если речь идёт именно об этом).

Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт (статья 247 ТК РФ).

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/906dbf32bb7674d9ada3f509b09fcee1b77d3a6d/

С учётом моего ответа выше далее:

ТК РФ Статья 80. Расторжение трудового договора по инициативе работника (по собственному желанию) -https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/aed7d03df679e3376974dadd131b899dc6966650/

Из статьи следует:

Работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели…Течение указанного срока начинается на следующий день после получения работодателем заявления работника об увольнении.

Всё, таков порядок ни о какой обязательной регистрации или еще каком-либо требовании в обязательном порядке. закон не предусматривает, а потому это не является обязательным для работника.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учётом моих ответов выше далее:

Также допустимо законом уволиться в нужную дату т.е. без ожидания истечения срока предупреждения об увольнении 2 недели.

Законом предусмотрено  3 варианта:

— по соглашению с работодателем об увольнении Вас в нужную Вам дату;

—  это обусловлено невозможностью продолжения работы  к примеру зачисление в образовательную организацию, выход на пенсию и другие случаи также могут являться уважительной причиной будем ее так называть, и законом перечень таких возможных уважительных причин  как закрытый не определен т.е. и другие случаи тоже могут ими являться;

—  в случаях установленного нарушения работодателем трудового законодательства.

Первый вариант требует обязательного согласия работодателя, т.е. он может отказать.

Остальные два вариант не требуют его согласия. и работодатель не вправе отказать в увольнении в нужную дату.

 ТК РФ Статья 80. Расторжение трудового договора по инициативе работника (по собственному желанию) -https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/aed7d03df679e3376974dadd131b899dc6966650/

Из статьи следует:

По соглашению между работником и работодателем трудовой договор может быть расторгнут и до истечения срока предупреждения об увольнении.

 В случаях, когда заявление работника об увольнении по его инициативе (по собственному желанию) обусловлено невозможностью продолжения им работы (зачисление в образовательную организацию, выход на пенсию и другие случаи),

а также в случаях установленного нарушения работодателем трудового законодательства...

работодатель обязан расторгнуть трудовой договор в срок, указанный в заявлении работника.

С дополнительными разъяснениями Роструда РФ можете ознакомиться по следующей официальной ссылке:

Действия работодателя при расторжении трудового договора по инициативе работника-https://онлайнинспекция.рф/instruction/270

Общие порядок оформления увольнения регулирует статья ТК РФ Статья 84.1. Общий порядок оформления прекращения трудового договора-https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/cc8071b6b37792778d4ce9fba7e76c373edc0618/

Во вложении к ответу типовые формы рекомендованные Рострудом РФ.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.