Сейчас на меня подали акт командиру о невозмещении суммы за билет жены в финансовую службу

Здравствуйте, Виктор. 

Вы справку медицинскую о недопустимости перелётов для жены в спорный период в авиакомпанию и воинскую часть предоставляли?

ФЗ О материальной ответственности военнослужащих будет применяться в случае спора в суде. 

Виктор, добрый день.

Отказ в возврате оплаченной за билеты суммы по ВПД за Вашу супругу не обоснован.

Вам обязаны были осуществить перерасчет стоимости билетов и осуществить возврат неиспользованного ВПД.

В данном случае, применительно к авиакомпании действуют общие правила отказа от перелета, установленные ст. 108 Воздушного кодекса РФ

согласно которой

2. В случае вынужденного отказа пассажира от воздушной перевозки в связи с болезнью пассажира или члена его семьи либо близкого родственника, совместно следующих с ним на воздушном судне, что подтверждается медицинскими документами, либо в связи со смертью члена его семьи или близкого родственника, что подтверждается документально, и уведомления об этом перевозчика до окончания установленного в соответствии с федеральными авиационными правилами времени регистрации пассажиров на указанный в билете рейс
пассажиру возвращается уплаченная за воздушную перевозку провозная плата.

Соответствующее условие о возврате предполагается и в силу Приказа Минтранса России от 28.06.2007 N 82
«Об утверждении Федеральных авиационных правил „Общие правила воздушных перевозок пассажиров, багажа, грузов и требования к обслуживанию пассажиров, грузоотправителей, грузополучателей“

однако им было еще оговорено. что 

Требования к таким медицинским документам, подлежащим предоставлению в связи с болезнью пассажира, члена его семьи либо близкого родственника, совместно следующего с ним на воздушном судне, определяются правилами перевозчика;

Проблема с которой Вы столкнулись, что от Вас не потребовали при отказе от перелета медицинские документы.

Вместе с тем, сам факт отказа подтвержден Справкой для перерасчёта с авиакомпанией централизованным порядком.

Насколько я понимаю из представленных Вами документов следует, что на даты рейса Ваша супруга находилась на стационарном лечении в период с 07.02 по 16.02.

При подтверждении данного факта и наличии справки, подтверждающей отказ от рейса — ВПД, вместо провозной платы подлежали возврату.

Это следует из приказа Минтранса России от 25.09.2008 N 155 „Об утверждении Правил формирования и применения тарифов на регулярные воздушные перевозки пассажиров и багажа, взимания сборов в области гражданской авиации“

и установленной в авиакомпании Технологии оформления по ВПД МО

согласно которым

5.1. В случае оформления возврата билета, оформленного в кредит (без взимания платы с
пассажира денежными средствами), расчет с пассажиром денежными средствами не
производится. Пассажиру выдается «Справка для перерасчета с АО «Авиакомпания
«Сибирь» централизованным порядком» (далее – Справка) (Приложение 5).
5.2. В случае оформления возврата билета, оформленного в кредит и оплатой денежными
средствами пассажира, расчет с пассажиром осуществляется в соответствии с
примененными формами оплаты.
 возвращаемая часть денежных средств, оплаченных в кредит (ВПД МО),
возвращается в соответствии с формой оплаты переоформленного билета; 

5.6. При вынужденном отказе в перевозке производится полный возврат стоимости билета в
соответствии с «Инструкцией по вынужденному изменению условий перевозки и возврату
билетов, оформленных для перелета рейсами АО «Авиакомпания «Сибирь» и
примененными формами оплаты. 

5.7. При оформлении возврата Агентом по продаже заполняется Справка (Приложение 5) в трех
экземплярах. Два экземпляра отдаются пассажиру, один экземпляр прикладывается к
отчету по ВПД МО.
5.8. В Справке (Приложение 5) в графе «Подлежит возврату централизованным порядком МО
РФ» указывается:
 В случае оформления возврата билета, оформленного в кредит (без взимания платы
с пассажира денежными средствами) – только подлежащая возврату по билету
сумма в кредит, без учета сбора за отмену/возврат

В настоящее время в авиакомпании применяются следующие правила — https://www.s7.ru/ru/info/pravila/

в силу которых 

8.3. Возврат сумм оплаты

b) если перевозка была выполнена частично — возвращается сумма, соответствующая стоимости оставшейся невыполненной части перевозки.

Возврат производится лицу, оплатившему перевозку и в данном случае в финансовую часть.

Согласно установленного порядка работы с ВПД МО в авиакомпании указано, что в случае нарушения порядка работы с билетами, оформленными в кредит по ВПД МО/МВД, рассмотрение вопроса осуществляется в соответствии с «Претензионной политикой АО «Авиакомпания «Сибирь».

Таким образом, тут необходимо изначально обращаться с претензией в авиакомпанию.

Вы же со своей стороны должны руководствоваться приказом Министра обороны РФ от 27.12.2017 N 815 в силу которого

В случае отказа от поездки или отмены поездки, в том числе по причинам, не зависящим от военнослужащего или гражданина,проездные документы (билеты), оформленные по воинским перевозочным документам, сдаются в билетную кассу, а документы, подтверждающие возврат проездных документов (билетов), сдаются в воинскую часть (военный комиссариат).