Могу ли я в данном случае работать с такой системой через самозанятость РФ?

Здравствуйте!

положения Федерального закона от 27.11.2018 N 422-ФЗ «О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима „Налог на профессиональный доход“ не содержат определения места ведения деятельности, осуществляемой дистанционно, поэтому по мнению Минфина (письмо от 18 ноября 2019 г. N СД-4-3/23424), место ведения указанной деятельности может определяться по выбору налогоплательщика НПД: либо по месту нахождения налогоплательщика НПД, либо по месту нахождения покупателя (заказчика).

учитывая, что 

не являюсь налоговым резидентом России.

т.е. работать будете, судя по всему, заграницей, а не на территории РФ, и то, что

Мне предлагают работу, через фриланс-сайт, данный сайт-посредник является иностранной организацией

 как, вероятнее всего, и заказчики иностранцы, ответ на 

Могу ли я в данном случае работать с такой системой через самозанятость РФ?

нет, не можете, на мой взгляд. 

хотите вне территории РФ работать дистанционно на НПД заключайте договора только с клиентами находящимися в РФ.

Добрый день! 

Место ведения деятельности определяется самозанятым: 

— либо по месту его нахождения;

— либо по месту нахождения покупателя (заказчика).

Таким образом, находясь за границей, можно дистанционно оказывать услуги только российским заказчикам. 

Однако, в Вашем случае заказчиком скорее всего будет выступать фриланс сайт — иностранная компания. Нужно смотреть схему работу.

Мнение налогового органа изложено в Письме Федеральной налоговой службы от 12 октября 2020 г. № АБ-4-20/16632@ “О рассмотрении обращения”: https://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/74647984/, 

а также: https://npd.nalog.ru/faq/

С какой целью Вы сохраняете самозанятость? Если доход не от российских компаний, Вы не плательщик НДФЛ.