Добрый день.
Насколько я понимаю в Вашем случае оба ип будут находиться на спец.налогах (для РА — налог с оборота ).
В этом случае зачет налогов в рамках СОИДН невозможен, будут двойные налоги — в РФ и РА.
Уведомлять об открытии ИП РА не нужно. Это не юр.лицо и не структура без образования юр.лица — ст.11 НК www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_19671/0b14e6fcebc7613ee7846b850f1402cc4565d09c/
Если в РФ Вы ИП- налоги с дохода ИП РА уплачиваются в РФ по системе налогообложения своего ИП( для Вас это УСН). Данное правило существует достаточно давно — Письмо Минфина РФ от 29 мая 2012 г. N 03-11-09/40
Соответственно, данные налогоплательщики должны отражать полученные доходы и произведенные расходы в книге учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения, а по итогам налогового периода представлять в налоговый орган по месту жительства налоговую декларацию по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения.
www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/70084242/
Повторюсь, при спец.налогах зачесть зачесть налоги нельзя. Будут налоги и в РФ и в РА с одних и тех же сумм доходов.
Отдельный момент- при ИП в РФ необходимо уведомить об открытии счета за пределами РФ используемого для предпр.деятельности ИП РФ( в Вашем случае таковым будет считаться счет ИП РА ) в течении месяца с момента открытия, а так же подавать ежеквартальные отчеты о движении средств по счету.
В любом случае речь у Вас идет о построении схемы бизнеса, что требует проработки массы деталей и нюансов и может быть разобрано в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)
С уважением Евгений Беляев