Что теперь можно сделать и могут ли уволить за это?

Добрый день. 

Данный факт могут расценить как хищение ( мелкое хищение является административным правонарушением ст. 7.27 КоАП РФ), провести внутреннее расследование и если всё-таки подтвердится факт хищения (например вы неправильно посчитали кассу), то могут и уволить, если факт недостачи и хищения не подтвердится, то могут просто наказать дисциплинарно за нарушение кассовой дисциплины. 

В данном случае вам лучше рассказать вашему руководителю о данном факте, пусть он принимает решение по данным денежным средствам. 

Обычно в курпнвз организациях как при недостаче, так и при ищлишказ в кассе берут объяснения у кассиров, при ищлишказ призодуют как иные доходы, при недостачах добровольное возмещение как альтернатива дисциплинарному взысканию. 

Буду рад положительной оценке.