Добрый день.
Применение ПСН напрямую связано, помимо списка подпадающих под ПСН видов деятельности — ст.346.43 НК, с местом ведения бизнеса. Если Патент не был Вами оформлен по месту новой регистрации по песту жительства, применять ПСН по новому месту Вы не вправе — ст. 346.45 Налогового кодекса
Патент действует на всей территории субъекта Российской Федерации, за исключением… случаев, когда законом субъекта Российской Федерации определена территория действия патентов в соответствии с подпунктом 1.1 пункта 8 статьи 346.43 настоящего Кодекса. В патенте должно содержаться указание на территорию его действия.
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_28165/e4dd034c90c6eedd54d0c8ab42dbd6b9e00f8d67/
В этой связи требование ФНС об оплате налога по иной системе налогообложения( предполагаю у Вас помимо ПСН была УСН) является полностью законной. Применить патент выданный в ином регионе, если вели деятельность по иному месту Вы не сможете. Оформить его в новом регионе задним числом тоже нельзя. При этом, если бы УСН у Вас не было, ФНС применила бы к доходам ОСНО( НДФЛ и НДС в общих случаях).
Все остальные моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)
С уважением Евгений Беляев
Если речь об одном субъекте РФ, возможно попытаться оспорить.