Григорий, добрый день!
В п. 1 ст. 161 НК РФ указано:
При реализации товаров (работ, услуг), местом реализации которых является территория Российской Федерации, налоговая база определяется налоговыми агентами в случае реализации этих товаров (работ, услуг) налогоплательщиками — иностранными лицами:
В Вашем случае строительно-монтажные работы были выполнены резидентом ООО на УСН (т.е. российской организацией) в пользу белорусской организации. Российская ООО не является налоговым агентом, поскольку является получателем денежных средств, а не их плательщиком.
В ситуации с российской организацией и белоруской организацией следует руководствоваться положениями Протокола о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг к Договору о ЕЭАС.
Согласно п. 28 Протокола
Взимание косвенных налогов при выполнении работ, оказании услуг осуществляется в государстве-члене, территория которого признается местом реализации работ, услуг
Как предусмотрено подпунктами 1 и 2 п. 29 Протокола, если работы, услуги связаны непосредственно с недвижимым/движимым имуществом, находящимся на территории государства-члена, то местом реализации работ, услуг признается территория этого государства-члена.
Т.е. белорусская организация не будет налоговым агентом. Вы платите только налог по УСН.