Какие есть варианты взаимозачётов?

Здравствуйте, Анна.

Гражданско-правовое регулирование.
В соответствии со статьей 313 Гражданского кодекса Российской Федерации кредитор обязан принять исполнение, предложенное за должника третьим лицом, если исполнение обязательства возложено должником на указанное третье лицо.
Если должник не возлагал исполнение обязательства на третье лицо, кредитор обязан принять исполнение, предложенное за должника таким третьим лицом, в следующих случаях:
1) должником допущена просрочка исполнения денежного обязательства;
2) такое третье лицо подвергается опасности утратить свое право на имущество должника вследствие обращения взыскания на это имущество.
К третьему лицу, исполнившему обязательство должника, переходят права кредитора по обязательству в соответствии со статьей 387 ГК РФ (переход прав кредитора к третьему лицу). 
Шаг 1. Должник ЕС, погашает Ваш долг (образовавшейся перед юридическим лицом ЕС) (далее – кредитор ЕС) порядке аналогичном статье 313 ГК РФ                                               (в законодательстве европейских стран аналогичная правовая конструкция должна присутствовать, поскольку законодательство европейских стран опирается также, как и гражданское законодательство РФ опирается на римское право). В договор между Вами и кредитором ЕС следует включить доп. соглашение о погашении Вашей задолженности со стороны должника ЕС (об исполнении обязательства третьим лицом). При это должник ЕС с момента погашения долга приобретает права кредитора по отношению к Вам. Далее должник ЕС возлагает исполнение обязательства на третье лицо (на Вас) направляет соответствующие уведомления Вам и кредитору РФ.
Шаг 2. Ваше юридическое лицо (далее – Вы) погашает долг, возникший вследствие неоплаты поставленного товара юридическим лицом ЕС (далее – должник ЕС) в порядке 313 ГК РФ.
Соответственно денежные средства в размере долга переводятся на расчетный счет юридического лица поставщика (далее – кредитор РФ).
В соответствии со статьей 313 ГК РФ к Вам переходят права кредитора к должнику ЕС по обязательству, возникшему в следствии поставки товара. Соответственно Вы являетесь кредитором по отношению к должнику ЕС. В контракт о поставке товара следует включить доп. соглашение о погашении задолженности должника ЕС с Вашей стороны (об исполнении обязательства третьим лицом).
Соответственно обязательства, как Ваше (перед кредитором ЕС), так и возникшее вследствие осуществления поставки товара прекращаются в следствии оплаты третьим лицом (в первом случае Вами во втором случае должником ЕС). В соответствии со статьей 413 ГК РФ обязательство прекращается совпадением должника и кредитора в одном лице, если иное не установлено законом или не вытекает из существа обязательства. Так как Вы будете являться по отношению к должнику ЕС одновременно и кредитором, и должником, также, как и должник ЕС по отношению к Вам обязательства взаимно прекращаются. В соответствии со статьей 410 ГК РФ прекращение обязательств возможно документально зафиксировать через соглашение о взаимозачете встречных требований (необходимо составить доп. соглашение о взаимозачете требований со ссылками на указанные выше доп. соглашения о погашении задолженности третьими лицами).
Валютное регулирование.
Инструкция Банка России от 04.06.2012 № 138-И «О порядке представления резидентами и нерезидентами уполномоченным банкам документов и информации, связанных с проведением валютных операций, порядке оформления паспортов сделок, а также порядке учета уполномоченными банками валютных операций и контроля за их проведением» устанавливающая обязанность открывать паспорта внешнеторговой сделки утратила свою силу.
Действующий паспорт сделки закрывать не нужно. Банк должен самостоятельно признать его закрытым и хранить в досье валютного контроля. А договор он ставит на учет с тем же номером, что был у паспорта сделки (https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_289593/ca41ff1058ae0e8e37f4c30855d7ca27bcf5ead5/). 
Таким образом, обязанность по закрытию паспорта сделки отсутствует, однако внешнеторговые контракты если сумма обязательств по договору не менее:

— 3 млн руб. — для импортных контрактов и кредитных договоров (по курсу ЦБ РФ на 17.04.2018 — примерно 48 тыс. долл. США или 39 тыс. евро);
— 6 млн руб. — для экспортных контрактов (по курсу ЦБ РФ на 17.04.2018 — примерно 96 тыс. долл. США или 78 тыс. евро) подлежат учету в соответствии со следующими пунктами инструкции Банка России от 16.08.2017 № 181-И «О порядке представления резидентами и нерезидентами уполномоченным банкам подтверждающих документов и информации при осуществлении валютных операций, о единых формах учета и отчетности по валютным операциям, порядке и сроках их представления»
1.5. Настоящая Инструкция распространяется на резидентов, являющихся юридическими лицами.
1.3. В целях получения информации об исполнении, прекращении обязательств, перемене лица в обязательстве, изменении суммы обязательств по договорам, принятым на учет уполномоченными банками в соответствии с разделом II настоящей Инструкции, резидент в случаях, установленных настоящей Инструкцией, представляет в уполномоченный банк справку о подтверждающих документах.
5.1. Резидент, являющийся стороной по экспортному контракту (далее — резидент-экспортер), по импортному контракту (далее — резидент-импортер) либо по кредитному договору, указанному в главе 4 настоящей Инструкции, должен осуществить их постановку на учет в уполномоченном банке в порядке, установленном настоящей главой, и проводить расчеты по контракту (кредитному договору) только через свои счета, открытые в уполномоченном банке (головном офисе уполномоченного банка или филиале уполномоченного банка), принявшем на учет контракт (кредитный договор), либо в уполномоченном банке, принявшем на обслуживание контракт (кредитный договор) в соответствии с главами 11 — 13 настоящей Инструкции (далее — банк УК), и (или) через свой счет, открытый в банке-нерезиденте, за исключением случаев, указанных в абзаце втором настоящего пункта и главах 10 и 14 настоящей Инструкции.
Экспортный контракт должен быть представлен резидентом-экспортером в банк УК не позднее пятнадцати рабочих дней после даты постановки экспортного контракта на учет банком УК в случае, если для постановки экспортного контракта на учет резидент-экспортер представил только сведения, указанные в абзаце втором настоящего пункта.
5.4. Для постановки экспортного контракта на учет в случае, указанном в абзаце втором пункта 5.3 настоящей Инструкции, в банк УК резидентом-экспортером должны быть представлены следующие сведения:
общие сведения об экспортном контракте: вид экспортного контракта, определяемый в соответствии с подпунктом 1.1.3 пункта 1 приложения 4 к настоящей Инструкции, дата, номер (при наличии), валюта экспортного контракта (наименование), сумма обязательств, предусмотренная экспортным контрактом, дата завершения исполнения обязательств по экспортному контракту;
реквизиты нерезидента (нерезидентов), являющегося (являющихся) стороной (сторонами) по экспортному контракту: наименование, страна.
В случае если сведения, представленные резидентом-экспортером в соответствии с настоящим пунктом, не соответствуют сведениям, содержащимся в экспортном контракте, представленном резидентом-экспортером в соответствии с абзацем четвертым пункта 5.3 настоящей Инструкции, банк УК должен внести соответствующие изменения в раздел I ведомости банковского контроля не позднее двух рабочих дней, следующих за днем представления резидентом экспортного контракта в банк УК.
Банк УК должен направить резиденту-экспортеру информацию об уникальном номере принятого на учет экспортного контракта и дате постановки на учет экспортного контракта в порядке, установленном банком УК, не позднее одного рабочего дня после даты постановки экспортного контракта на учет.
6.1. Резидент должен представить в банк УК заявление о снятии с учета контракта (кредитного договора) по следующим основаниям.
6.1.2. При исполнении сторонами всех обязательств по контракту (кредитному договору), включая исполнение обязательств третьим лицом.
6.2. В заявлении резидента о снятии с учета контракта (кредитного договора) должны быть указаны:

уникальный номер контракта (кредитного договора);
основание для снятия с учета контракта (кредитного договора) со ссылкой на соответствующий подпункт пункта 6.1 настоящей Инструкции;
сведения о резиденте, которому уступаются требования (на которого переводится долг) по контракту (кредитному договору), необходимые банку УК для заполнения пункта 8 раздела I ведомости банковского контроля (в случае снятия с учета контракта (кредитного договора) по основанию, указанному в подпункте 6.1.3 пункта 6.1 настоящей Инструкции);
дата подписания резидентом заявления о снятии контракта (кредитного договора) с учета, его подпись и печать (при ее наличии).
6.3. Одновременно с заявлением о снятии с учета контракта (кредитного договора) по основанию, указанному в подпункте 6.1.3 пункта 6.1 настоящей Инструкции, резидент должен представить в банк УК документы, подтверждающие уступку требования по контракту (кредитному договору) другому лицу — резиденту либо перевод долга по контракту (кредитному договору) на другое лицо — резидента.
7.1. При внесении изменений и (или) дополнений в контракт (кредитный договор), а также при изменении иных сведений, содержащихся в разделе I ведомости банковского контроля по принятому на учет контракту (кредитному договору), за исключением изменения сведений об адресе резидента, а также случая, указанного в пункте 7.10 настоящей Инструкции, резидент должен направить в банк УК заявление о внесении изменений в раздел I ведомости банковского контроля.
Таким образом, с целью соблюдения установленных законодательством обязанностей необходимо поставить внешнеторговый контракт на учет. Далее сообщить о снятии с учета контракта либо изменении сведений о контракте в связи с заменой стороны обязательства (предоставив доп. соглашение о погашении задолженности с Вашей стороны за должника ЕС). В случае снятия с учета необходимо будет вновь поставить контракт на учет поскольку обязательство не прекращено, но стороной по контракту будете уже Вы, а не кредитор РФ. В дальнейшем контракт необходимо снять с учета в установленном инструкцией порядке, предоставив при этом доп. соглашения к контрактам и соглашение о взаимозачете требований.