Учитывая, что НДФЛ превышает 5 млн, ставка будет 13% или 15% от суммы реализации?

Иван, добрый день! 

1. Учитываются ли затраты на покупку нежилых помещений при уплате НДФЛ?

 Согласно п.п. 4 п. 1 ст. 220 НК РФ расходы на приобретение имущества, использовавшегося в ПД нельзя учесть в рамках имущественных вычетов, предусмотренных ст. 220 НК РФ, но можно учесть в составе профессиональных вычетов в соот. со ст. 221 НК РФ для чего необходим статус ИП (это если ИП не на спец режиме)

2. Учитывая, что НДФЛ превышает 5 млн, ставка будет 13% или 15% от суммы реализации?

 доход сверх 5 млн. облагается по ставке 15%. 

3. Возможно, ли как-то провести это как продажу от ИП, если в ДКПН всё прошло как физ.лицо?

А ИП то есть в принципе? Если есть то налоговая в вопросах отнесения дохода от продажи имущества ориентируется на то, использовалось ли данное имущество в предпринимательской деятельности. Но это разумеется при условии что есть (было на момент продажи) зарегистрированное ИП

1. Учитываются ли затраты на покупку нежилых помещений при уплате НДФЛ?

 Здравствуйте.

Хорошо бы понять, на какой системе налогообложения находится ИП. Если УСН 6%, тогда никаких вычетов из полученных от продажи средств произвести не удастся. 

ИП с объектом «доходы минус расходы» учитывает в налоговой базе покупную стоимость объекта недвижимости и «входной» НДС по нему — после передачи права собственности на объект покупателю независимо от того, получена ли от покупателя оплата (письмо Минфина РФ от 17.02.2014 № 03-11-09/6275);
госпошлину, уплаченную за регистрацию перехода права собственности (пп. 22 п. 1 ст. 346.16, п. 2 ст. 346.17 НК РФ), а также расходы, непосредственно связанные с продажей объекта недвижимости, и «входной» НДС по этим расходам — после их фактической оплаты (п. 1 ст. 346.16, п. 2 ст. 346.17 НК РФ).

Для целей НДФЛ доход от продажи коммерческого объекта учитывается на дату поступления оплаты от покупателя (пп. 1 п. 1 ст. 223 НК РФ). При этом налоговая база по проданным объектам недвижимости определяется с учетом ст. 214.10 НК РФ. Освобождение от уплаты налога при владении имуществом больше минимального срока на нежилую недвижимость не распространяется (письмо Минфина РФ от 20.08.2021 № 03-04-05/67371). Применить имущественный вычет также нельзя (п. 17.1 ст. 217, п. 2 ст. 217.1, пп. 1 п. 1, пп. 4 п. 2 ст. 220 НК РФ, письмо Минфина РФ от 06.12.2018 № 03-04-05/88524).

2. Учитывая, что НДФЛ превышает 5 млн, ставка будет 13% или 15% от суммы реализации?

 С превышения будет 15%.

3. Возможно, ли как-то провести это как продажу от ИП, если в ДКПН всё прошло как физ.лицо?

 Это так и будет проведено как продажа от ИП, поскольу имущество использовалось в предпринимательской деятельности.

Иван, добрый день.

Начинать следует с вопроса

Возможно, ли как-то провести это как продажу от ИП, если в ДКПН всё прошло как физ.лицо?

 Физическое лицо и ИП — это одно и то же лицо. независимо от того, указан ли статус ИП в договоре или не указан.  (см. ст.2 в части определения предпринимательской деятельности и ст.23 ГК РФ).

Учитывая, что

Данные помещения сдавались в аренду от ИП, соответственно — предпринимательская деятельность на лицо за многие годы.

 является совершенно верным утверждением.

Соответственно, доходы от продажи вполне вероятно оценить как доходы от предпринимательской деятельности, которые должны облагаться в рамках применямого режима налогооблажения. Если у Вас УСН, то применяете УСН и в отношении полученного дохода от продажи (См. Постановление Арбитражного суда Волго-Вятского округа  от 24.02.21 № А17-11178/2019