Я работаю как самозанятая на одну компанию, каждый месяц выставляю чеки и плачу налог, сейчас мы с другими

будет критично, получится ли у меня вместе с другими сотрудниками подавать на признание отношений трудовыми и как мне лучше поступить?

 Анна, добрый день! Для признания гражданско-правовых отношений трудовыми, если они содержат признаки трудовых отношений, указанные в ст. 15 ТК РФ, аннулирования одного из чеков, выданных Вами как самозанятой заказчику значения иметь не будет. Вместе с тем, поскольку заказчик не должен при выплатах самозанятому удерживать налог, в случае признания отношений трудовыми может возникнуть вопрос о необходимости уплаты Вами ндфл с доходов, полученных в качестве самозанятой. При этом именно из полученных сумм т.к. заказчик не производил удержания ндфл. Да, у заказчика возникнут обязательства по уплате страховых взносов, но вопрос с ндфл ложится все таки на Вас

Анастасия, добрый день!

Аннулирование чека, неоплата налога не могут ограничивать Вас в признании через суд отношений с заказчиком трудовыми. Вы наравне с другими плательщиками НПД можете подать в суд иск к заказчику о признании отношений, возникших на основании гражданско-правового договора, трудовыми отношениями.

Согласно ст. 19.1 ТК РФ

Признание отношений, возникших на основании гражданско-правового договора, трудовыми отношениями может осуществляться:

судом в случае, если физическое лицо, являющееся исполнителем по указанному договору, обратилось непосредственно в суд, 

Неоплата налога, если был получен доход, подлежащий налогообложению, это вопрос, входящий в компетенцию налоговой службы. И, если возникнет спор по этому поводу, то он будет разрешаться совместно с ИФНС. Но на Ваше правомочие по обращению в суд с вышеприведенным иском спор по поводу неоплаты налога не влияет.

Здравствуйте Ана.

По общим правилам гражданского законодательства РФ, имеется право право   на заключение договора гражданского правового характера (ГПХ) как  «самозанятому», в соответствии с положениями статьи: 

ГК РФ Статья 421. Свобода договора:

1. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.
2. Стороны могут заключить договор, как предусмотренный, так и не предусмотренный законом или иными правовыми актами.-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/ad08909251f4d26ebc935648e4e708a31e160348/

С подробной информацией и разъяснениями об этом, Вы можете ознакомиться пройдя по следующим ссылкам:

Различия трудового и гражданско-правового договора-https://www.garant.ru/article/6497/

Обычно проблемы у работодателя возникают  когда он своего бывшего работника, с которым заключал ранее трудовой договор и состоял в трудовых правоотношениях, увольняет, тот оформляется «самозанятым», и бывший работодатель заключает с ним в этом статусе договор ГПХ, вот к таким случаям  особенно пристальное внимание со стороны контролирующих органов. 

С дополнительными разъяснениями Вы также можете ознакомиться пройдя по следующей ссылке:

6 правил работы с самозанятыми-https://www.garant.ru/ia/opinion/author/omelchenko/1479489/

Что надо знать учреждению при заключении договора с самозанятым физлицом?-https://www.garant.ru/news/1409378/

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.