Законно ли вычесть с зарплаты, то что платили за год?

По этому вопросу вам следует обратиться за разъяснением в Управление ФСИН  России. Составьте коллективное письмо, и не забудьте подписаться. 

Статья 1109 ГК РФ. Неосновательное обогащение, не подлежащее возврату

3) заработная
плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии,
возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные
денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к
существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной
ошибки;

 Т.е. даже если вы не имели права на данные выплаты, то работодатель не имеет право их удержать из вашей з\п. Только в том случае, если не было счетной ошибки, а ее скорее всего не было, а так же отсутствует недобросовестность с вашей стороны (например, предоставление недостоверных сведений).