Добрый день. Предложенный Вами вариант возможен, но здесь не совсем понятно каковы отношения между Вами и партнером, поскольку в зависимости от этого возникают соответствующие обязанности. Так, если речь об.аренде Вами площадей для склада товаров — необходимо регистрировать представительство эстонской компании в РФ и работать через нее, с оплатой всех налогов по данному представительству — статья 306 НК http://www.consultant.ru/docum...
Если же речь идет о наличии классического посредничества, т.е. фулфилмент, то возникает НДС в связи с продажей товаров в РФ. В данном случае регистрировать представительство в РФ нет необходимости, Ваш партнер будет выполнять роль налогового агента по НДС — статья 161НК http://www.consultant.ru/docum... , удерживая данный налог с Вас при перечислении суммы оплаты за проданные товары Вам.
В любом случае и при том, и при другом варианте существует масса нюансов, которые требуют детального рассмотрения, что в рамках общего вопроса обсудить вряд ли получится.
Вообще же Ваш вопрос связан с построением схемы работы, с разбором ситуации с ведением бизнеса будучи резидентом иностранных юрисдикций, оптимизацией налоговой составляющей , что может быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате(доступен при входе на сайт через браузер).
С уважением Евгений Беляев