Почему такие жёсткие меры в отношении меня

В данном случае Вы можете попробовать самостоятельно узаконить реконструкцию Вашего дома путем подачи искового заявления в районный суд (формально по таким делам ответчиком выступает Администрация района). Шаг который Вы сделали — довольно правильный. Можно провести досудебное исследование домовладения. Перед экспертами следует поставить вопросы: 1) соответствует ли градостроительным нормам, строительным нормам и правилам, противопожарным нормам реконструированный дом; 2) представляет ли реконструированное домовладение угрозу для третьих лиц. Если Вы получите обоснованное положительное заключение, то можете обращаться в суд с требованием узаконить постройку. 

Наличие досудебного исследования не исключает того факта, что суд может назначить судебную экспертизу, но тем не менее значительно уменьшает на это шансы. Кроме того, при необходимости, Вы сможете вызвать в суд Вашего эксперта, который подтвердит результаты своего заключения. 

Дожидаться когда город подаст иск в суд на возврат постройки в первоначальное состояние и будучи ответчиком попытаться доказать суду необходимость отказа в исковых требованиях — менее предпочтительно. В случае если суд вынесет решение не в Вашу пользу Вам придется возместить судебные расходы истца, включая расходы на экспертизу. 

Статья 98 ГПК РФ Распределение судебных расходов между сторонами
 
1. Стороне, в пользу которой состоялось решение суда, суд присуждает возместить с другой стороны все понесенные по делу судебные расходы, за исключением случаев, предусмотренных частью второй статьи 96 настоящего Кодекса. В случае, если иск удовлетворен частично, указанные в настоящей статье судебные расходы присуждаются истцу пропорционально размеру удовлетворенных судом исковых требований, а ответчику пропорционально той части исковых требований, в которой истцу отказано.

Добрый день! Да, вы можете самостоятельно проверить в экспертной организации, лучше всего в той, которая для судов делает экспертизы, есть ли нарушения при реконструкции жилого дома. Но в суде в любом случае тоже будет экспертиза. То что говорит специалист администрации, это на значит что суд примет решение, так как хочет администрация. Звучит достаточно жестко, что будут подавать в суд, назначать экспертизу, простить вернуть в первоначальный вид и т.д. Но это обычная процедура, когда есть спор между соседями. Действительно такие споры в суде решается с помощью экспертного мнения. На основании ст 222 ГК РФ суд может принять решение о приведении в соответствие с установленными требованиями постройки, а может признать права собственности на нее. Вам надо будет просто подать встречный иск о признании права собственности и приложить документы от эксперта, которые он вам сделает.