И чем это чревато для А с точки зрения налоговиков?

Здравствуйте, Дмитрий Васильевич.

Обязанность А как арендодателя -  в полном объеме отразить арендную плату, полученную от Б (арендатора) или от уполномоченного им физического лица, в книге учета доходов и расходов, а также задекларировать ее в налоговой декларации и уплатить с этой выручки налог в соответствии с применяемой А системой налогообложения.

Если А выполняет эти обязанности, то у налоговой инспекции нет каких-либо оснований предъявлять к нему претензии. Применяемые методы расчетов между сторонами договора налоговую инспекцию не интересуют. Так как А получает выручку на свой расчетный счет, то и со стороны банка к нему претензий быть не должно.

Негативные последствия возможны для Б, если он использует банковскую карту физлица для расчетов, связанных с предпринимательской деятельностью, так как это противоречит инструкции ЦБ от 30.05.2014 № 153-И о том, что текущие счета могут  использоваться физическими лицами только для операций, не связанных с предпринимательством. 

Если же под «физическим лицом от Б» понимается не сам Б., а третье лицо, уполномоченное Б на перевод Вам денег по договору аренды, то тогда, чтобы у банка не возникло вопросов к Вам относительно переводов от этого третьего лица, о нужно письменное соглашение А с Б о том, что расчеты проводятся через это третье лицо (исполнение обязательства третьим лицом, ст. 313 ГК РФ).

С уважением, Роман.