Здравствуйте, Ольга
Если у Вас будет заключен договор найма жилого помещения с указанными гражданами как с физическими лицами, без всякой «привязки» к тому, что один из них работник ООО, другой — участник ООО и ООО не будет им компенсировать эти расходы, по крайней мере — официально, то риски минимальны.
Согласно пп.8 ч. 2 ст. 6 Федерального закона от 27.11.2018 N 422-ФЗ «О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима „Налог на профессиональный доход“ Вы не можете оказывать услуги именно самому ООО — работодателю, но не иным лицам, пусть даже связанным с ним трудовыми или корпоративными отношениями.
Другое дело, что налоговый орган может усмотреть в подобной схеме признаки незаконных операций, если, например, эти граждане реально в этой квартире проживать не будут, а деньги будут просто таким образом „обналичиваться“ (если платить за них будет в конечном итоге ООО)..
В этом случае ответ по НПД тоже отрицательный? Только через НДФЛ?
если так и расходы на аренду никак не компенсируются ООО то в этом случае применять НПД можно