Как учителю защитить свои права?

Здравствуйте, в данном случае, если оценка его обучения объективна, то тогда никаких жалоб бояться смысла нет, дадите мотивированный ответ и все. К сожалению, в любом случае придется общаться с департаментом, здесь именно с юридической точки зрения сложно помочь, но для защиты своих прав я бы советовал вам обратиться к вашему непосредственному руководителю — директору школы, пусть он взаимодействует с родителями ученика и помогает решить вопрос.

Федеральный закон«Об образовании в Российской Федерации»

Статья 43. 
 

1. Обучающиеся обязаны:
1) добросовестно осваивать образовательную программу, выполнять индивидуальный учебный план, в том числе посещать предусмотренные учебным планом или индивидуальным учебным планом учебные занятия, осуществлять самостоятельную подготовку к занятиям, выполнять задания, данные педагогическими работниками в рамках образовательной программы;