Купил коммерческое помещение как физ лицо, оформил ИП 6%, поздавал его в аренду, ликвидировал ИП, продал помещение

Павел, добрый вечер!

Вы не сможете из доходов, полученных при продаже помещения, вычесть расходы.

Согласно п. 2 ст. 220 НК РФ

4) если иное не предусмотрено подпунктом 2.1 или 2.2 настоящего пункта, положения подпункта 1 пункта 1 настоящей статьи не применяются в отношении доходов, полученных:
от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности;

Т.е. Вам придется платить 13% со всей суммы доходов без вычетов.

Добрый день. Да, у Вас будет НДФЛ. При этом вычеты Вы применить не сможете в силу п. 2 ст.220 НК 

4) если иное не предусмотрено подпунктом 2.1 или 2.2 настоящего пункта, положения подпункта 1 пункта 1 настоящей статьи не применяются в отношении доходов, полученных:
от продажи недвижимого имущества..., которые использовались в предпринимательской деятельности;

Об этом же сказано в Письме Минфина от 15 августа 2017 г. N 03-04-05/52220

Вместе с тем подпунктом 4 пункта 2 статьи 220 Кодекса установлено, что, если иное не предусмотрено подпунктом 2.1 или 2.2 указанного пункта, положения подпункта 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса не применяются в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности.Также налогоплательщик не вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом на доходы физических лиц доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности, на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества, учитывая, что указанный налогоплательщик не имеет права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса.
Равным образом у налогоплательщика, прекратившего деятельность в качестве предпринимателя, отсутствует возможность воспользоваться правом на уменьшение суммы облагаемых налогом на доходы физических лиц доходов на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с получением таких доходов в порядке, предусмотренном подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса. Следовательно, определяющее значение в указанных случаях имеет характер использования имущества

https://www.garant.ru/products...

С уважением Евгений Беляев.

Павел, здравствуйте.

Согласно пп. 4 п. 2 ст. 220 НК РФ права на вычет при реализации имущества не могут быть применены в отношении дохода от продажи недвижимого имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности. 

Кроме того в Письме Минфина России от 28.06.2016 № 03-11-06/2/37424 указано, что, если физическим лицом к моменту продажи нежилого помещения, которое непосредственно использовалось в предпринимательской деятельности, деятельность в качестве индивидуального предпринимателя прекращена, доходы, полученные от продажи такого помещения, подлежат обложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке. При этом имущественный налоговый вычет, предусмотренный пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса, не предоставляется.

Таким образом, поскольку права на применение вычетов нет, НДФЛ по ставке 13% подлежит весь доход полученный от продажи недвижимости.