Вопрос такой: Компания занимается продажей табачного сырья (листа), есть идея открыть небольшой магазин где

Здравствуйте!

Если Ваша идея заключается  в продаже,  только табачного сырья, а доведение его до  табачного изделия -это  выбор покупателя, тогда  нужно  предоставить такой выбор покупателю. 

Насколько весь этот процесс не противоречит закону?

Прямых запретов на  изготовления самокрутки покупателем  в законодательстве нет.

Если речь идет о том, чтобы избежать  маркировке акцизными марками, то  продавать Вы должны  сырье  для производства табачных изделий,   который в силу ст.193 НК РФ не является подакцизным товаром. 

Табак трубочный, курительный, жевательный, сосательный, нюхательный, кальянный (за исключением табака, используемого в качестве сырья для производства табачной продукции)

То-есть необходимо предпринять меры и  дистанцироваться от изготовления табачного изделия. 

 Я бы рекомендовал: разметить на видном месте инструктаж по работе с оборудованием для самокруток, в кассовом чеке указывать  только стоимость табачного сырья.

Оптимальный вариант не использовать  сотрудника для    участия  в процессе, либо  нужно чтобы его помощь предоставлялась в рамках инструктажа   по работе с оборудованием.