Да, уведомлять военкомат о намерении подать иск в суд желательно, хотя это не является строго обязательным требованием закона. Важно понимать, что процедура уведомления не регламентирована законом, и его отсутствие не станет препятствием для рассмотрения дела в суде.
Уведомление можно передать лично, отправить по почте или через электронную форму, если такая предусмотрена. Копия уведомления может быть приложена к материалам дела.
После подачи иска суд самостоятельно извещает ответчика (в данном случае — военкомат) о начале судебного процесса. Это делается в соответствии с Гражданским процессуальным кодексом РФ (ст. 113), который предусматривает извещение сторон заказным письмом с уведомлением, судебной повесткой, телефонограммой, телеграммой или другими средствами.
С уважением, Александр.