Мест на Целевое обучение в университете - 2, но по целевому направлению подали 3 человека

Если с Вами заключен договор целевого обучения и он вступил в силу, то его условия обязаны выполняться, соответственно Вам будут обязаны обеспечить обучение и место в рамках данного договора.

В соответствии с положениями  Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» от 29.12.2012 N 273-ФЗ Статья 56. Целевое обучение следует что:

2. Существенными условиями договора о целевом обучении являются:
2) обязательства гражданина, заключившего договор о целевом обучении:
а) по освоению образовательной программы, указанной в договоре о целевом обучении (с возможностью изменения образовательной программы и (или) формы обучения по согласованию с заказчиком целевого обучения);

http://www.consultant.ru/docum...

Вопрос: каким образом меня зачислят по целевому направлению, если мои дополнительные баллы ниже, чем у двух остальных целевиков?

Если мест два, а подало документы три человека, и зачисление будет осуществляться по результатам баллов, с Вами в таком случае договор целевого обучения попросту не будут заключать и всё.

Т.е. здесь нужно исходить из порядка зачисления в рамках целевого обучения в Вашем случае, и  с кем по этим результатам будут заключать договор целевого обучения.