Написала заявление на увольнение, две недели которые идут была на больничном, приехала в головной офис

Здравствуйте, Алина!

Работодатель не имеет права удерживать деньги, так как оформление медицинской книжки является частью процедуры прохождения обязательных медицинских осмотров. 

Согласно абз. 12 ч. 2 ст. 212 Трудового Кодекса РФ:

в случаях, предусмотренных трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, организовывать проведение за счет собственных средств обязательных предварительных (при поступлении на работу) и периодических (в течение трудовой деятельности) медицинских осмотров, других обязательных медицинских осмотров, обязательных психиатрических освидетельствований работников, внеочередных медицинских осмотров, обязательных психиатрических освидетельствований работников по их просьбам в соответствии с медицинскими рекомендациями с сохранением за ними места работы (должности) и среднего заработка на время прохождения указанных медицинских осмотров, обязательных психиатрических освидетельствований;

Следовательно, обязанностью работодателя является организация за счет собственных средств предварительных и периодических медицинских осмотров работника. 

Для решения данного вопроса рекомендую обратиться с жалобой в госинспекцию труда.

не законно, мед комиссия оплачиваеться работодателем.