Здравствуйте Сергей!
В соответствии с пунктом 18 статьи 29 Положения о порядке прохождения военной службы (далее — Положение) (https://base.garant.ru/180912/):
Военнослужащим, заболевшим во время основного или дополнительного отпуска, кроме отпуска по личным обстоятельствам, основной или дополнительный отпуск продлевается на соответствующее количество дней болезни. Продление отпуска в этом случае осуществляется командиром воинской части на основании справки из лечебного учреждения.
Вместе с тем, соблюдение режима изоляции устанавливается постановлением главного санитарного врача муниципального образования и по своей природе справкой не является.
Кроме того, соблюдение режима изоляции, обусловленное контактом с больным, не является болезнью.
При буквальном толковании Положения, отпуск, к сожалению, продлению не подлежит.
С уважением.