Наталья, здравствуйте! В этой части работодатель, к сожалению, опирается на прямую норму закона, но проверить расчет и основание отпуска стоит.
1) В стаж, дающий право на дополнительный отпуск за вредные или опасные условия труда, включается только фактически отработанное в таких условиях время (ч. 2 ст. 121 ТК РФ). Время ежегодного отпуска, больничных и других периодов, когда Вы не работали, в него не входит, поэтому пропорциональное уменьшение такого отпуска законно.
2) Проверьте основание и размер отпуска. Отпуск за вредность предоставляется по результатам специальной оценки условий труда: при классе 3.2 и выше не менее 7 календарных дней (ст. 117 ТК РФ), конкретная продолжительность указывается в трудовом договоре. Попросите в отделе кадров карту СОУТ своего рабочего места и расчет отпуска по периодам. Если дополнительный отпуск предоставлен по другому основанию (например, за ненормированный рабочий день, ст. 119 ТК РФ), правило ч. 2 ст. 121 к нему не применяется, и урезать его за фактически отработанное время нельзя.
3) Общий стаж 11 лет и 3,5 года в государственном учреждении дополнительных дней по ТК не дают; прибавка за стаж возможна, только если она предусмотрена коллективным договором или локальным актом учреждения. Это тоже стоит уточнить в отделе кадров.
С уважением,
Лучников Константин,
юрист, партнер адвокатского бюро