Какие решение должен вынести суд?

Согласно положениям ст.652 ГК РФ:

Статья 652. Права на земельный участок при аренде находящегося на нем здания или сооружения

 
1. По договору аренды здания или сооружения арендатору одновременно с передачей прав владения и пользования такой недвижимостью передаются права на земельный участок, который занят такой недвижимостью и необходим для ее использования.
(в ред. Федерального закона от 26.06.2007 N 118-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

2. В случаях, когда арендодатель является собственником земельного участка, на котором находится сдаваемое в аренду здание или сооружение, арендатору предоставляется право аренды земельного участка или предусмотренное договором аренды здания или сооружения иное право на соответствующий земельный участок.
(в ред. Федерального закона от 26.06.2007 N 118-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Если договором не определено передаваемое арендатору право на соответствующий земельный участок, к нему переходит на срок аренды здания или сооружения право пользования земельным участком, который занят зданием или сооружением и необходим для его использования в соответствии с его назначением.

Таким образом решение должностного лица госземнадзора неправомерно. Суд отменит постановление.

Суд должен иск удовлетворить, так как не указание в договоре аренды здания на права пользования участком ничего не нарушает, не свидетельствует о самовольном занятии участка, так как арендатором участка является Нева. Она же имеет договор аренды, а арендатор имеет право использовать часть земельного участка необходимого для использования арендованных объектов без каких-либо дополнительных соглашений с кем-либо. Заключать новый договор аренды или субаренды в данном случае не требуется. Это все прописано в законодательстве довольно подробно. Более того, по практике часто арендные платежи включаются в расчет арендной платы за аренду зданий, сооружений и т.п.