Здравствуйте, Георгий.
В вашем случае, прекратить полномочия можно просто сменив директора. В данном случае Вам необходимо провести общее собрание участников общества и принять решение о прекращении полномочий прошлого директора и назначении нового.
По общему правила Вы можете принять такое решение большинством голосов.
ГК РФ Статья 181.2. Принятие решения собрания
1. Решение собрания считается принятым, если за него проголосовало большинство участников собрания и при этом в собрании участвовало не менее пятидесяти процентов от общего числа участников соответствующего гражданско-правового сообщества.
Но уставом может быть предусмотрен иной порядок.
После принятия решения Вам необходимо заполнить налоговую форму Р14001, пойти к нотариусу, заверить подпись нового назначаемого директора на форме и в решении, после этого подавайте документы в налоговую.
По сути, прошлый директор в принципе не участвует в этой процедуре.
Чтобы прекратить полномочия директора без особых оснований, нужно принять решения большинством участников ООО. 50% участия для этого недостаточно.
Если директор является одновременно участником, то инициировать общее собрание участников бесполезно.
Как вариант, дождаться окончания срока полномочий директора и предложить иную кандидатуру. В первую очередь нужно изучить Устав ООО и решение о назначении ген. директора.
Если ген. директор был назначен с нарушениями, то есть вариант оспорить само назначение.