Юрий, добрый вечер!
Согласно п. 6 ст. 346.45 НК РФ
Налогоплательщик считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения (на упрощенную систему налогообложения, на систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (в случае применения налогоплательщиком соответствующего режима налогообложения) с начала налогового периода, на который ему был выдан патент, в случае:
1) если с начала календарного года доходы налогоплательщика от реализации, определяемые в соответствии со статьей 249 настоящего Кодекса, по всем видам предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения, превысили 60 млн. рублей;
Поскольку работы выполнены ненадлежащим образом и контрагент требует возврата денег за них, то при возврате денег происходит уменьшение суммы дохода.
В случае возврата налогоплательщиком сумм, ранее полученных в счет предварительной оплаты поставки товаров, выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав, на сумму возврата уменьшаются доходы того налогового периода, в котором произведен возврат (п. 4 ст. 346.53 НК РФ).
Учитывая, что право применения ПСН Вы потеряли в 2019 году, а денежные средства будут возвращены в 2020 году, то доходы придется учитывать по ОСНО или УСН (если применяете также УСН).