Медкнижка — это ваш рабочий документ, который подлежит возврату наряду с другими документами при увольнении. Напрямую про возврат медкнижки при увольнении ТК РФ умалчивает (статьи 84.1., 62), однако это следует логически. Потому что при вашем увольнении работодателю она не нужна. И это ваш документ. Тот факт, что за медосмотр платил работодатель, не даёт ему права удерживать у себя вашу медкнижку. Потому что оплата медкомиссий — это обязанность работодателя. Напишите жалобы в трудовую инспекцию и в прокуратуру. Если медкнижка не обнаружится, вам придётся заводить новую. Деваться некуда. А судиться с работодателем из-за её уничтожения, конечно, можно, но суды у нас длятся долго, вы больше нервов и денег потратите, а вам работать надо.