Юрий, добрый вечер!
Нужно исходить в Вашем случае из того, что налог Вы платили, причем несколько лет, предоставляли в налоговую инспекцию декларации по УСН, налоговая принимала отчетность и на протяжении всего времени не истребовала оплаты НДФЛ и НДС ввиду неуведомления перехода на УСН и применения Вами якобы ОСНО.
Приведу вывод Арбитражного суда Центрального округа в Постановлении от 31.05.2017 № Ф10-1709/2017 по похожему делу:
Судами установлено, что Нариманян З. К. зарегистрирован в качестве индивидуального предпринимателя 21.06.2013 г. и с момента регистрации исчислял и уплачивал налог, в связи с применением упрощенной системы налогообложения, представлял налоговые декларации.
В лицевом счете налогоплательщика по данному налогу инспекция отражала начисление и уплату налога в течение 2013 – 2014 годов, сообщений об отказе в применении упрощенной системы налогообложения или о нарушении сроков уведомления о переходе на упрощенную систему налогообложения не направляла,
Оценив представленные в материалы дела доказательства, свидетельствующие о том, что с момента государственной регистрации предпринимателя и в течение длительного времени инспекция признавала правомерным применение налогоплательщиком специального налогового режима, суды первой и апелляционной инстанций сделали обоснованный вывод, что налоговым органом не представлено бесспорных доказательств, подтверждающих наличие оснований для доначисления налогов по общей системе налогообложения, в связи с непредставлением предпринимателем уведомления о применении упрощенной системы налогообложения, отсутствие или наличие которого возможно установить без проведения контрольных мероприятий.
https://www.audar-info.ru/na/article/view/type_id/7/doc_id/53452/
Суд встал на защиту предпринимателя, поскольку налоговый орган в течении нескольких лет принимал налоговую отчетность ИП и тем самым не возражал против уплаты ИП налога по УСН.
В п. 1 «Обзора практики рассмотрения судами дел, связанных с применением глав 26.2 и 26.5 Налогового кодекса Российской Федерации в отношении субъектов малого и среднего предпринимательства» (утв. Президиумом Верховного Суда РФ 04.07.2018) сказано, что:
Налоговый орган не вправе ссылаться на несвоевременность уведомления вновь созданным субъектом предпринимательства о применении упрощенной системы налогообложения, если ранее им фактически признана обоснованность применения специального налогового режима налогоплательщиком.
В данном случае общество фактически применяло упрощенную систему налогообложения (уплачивало авансовые платежи по данному налоговому режиму, не исчисляло и не уплачивало налоги по общей системе налогообложения, в том числе не предъявляло налог на добавленную стоимость контрагентам) без возражений со стороны налогового органа в течение всего первого налогового периода своей деятельности.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_301685/Таким образом, если налоговая начислит Вам НДФЛ и НДС, то Вы сможете обжаловать решение налоговой в суде на основании факта принятия налоговой отчетности по УСН в течении двух лет.
Вопрос этот решен довольно давно. Вот например более раннее дело с тем же итогом:
Учтите, что налоговая может все-таки попытаться доначислить Вам налоги и взыскивать штрафы. В этом случае правоту придется доказывать в суде. Но как видите, позиция судов однозначна — принятые налоговой в течение длительного времени декларации позволяют УСНщику не опасаться за доначисления.