Здравствуйте, Артем!
Вопрос спорный, учитывая то, что военнослужащий поступил в учебное заведения до поступления на военную службу по контракту, военнослужащий может рассчитывать на предоставление учебного отпуска.
Законодательство не устанавливает запрета предоставление учебного отпуска данной категории военной служащих, а только устанавливает право на обучение для военнослужащих, которые еще не поступили в учебное заведение, а собираются поступать
Федеральный закон «О статусе военнослужащих», стать 19:
Военнослужащие, проходящие военную службу по контракту (за исключением офицеров), если непрерывная продолжительность военной службы по контракту составляет не менее трех лет, имеют право в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации, на обучение по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования за счет средств федерального бюджета с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения.
Соответственно, Вы можете воспользоваться своим правом, так как командир и не мог Вам выдать указанную справку, в силу того, что Вы не были военнослужащим на тот момент.
Федеральный закон «О статусе военнослужащих», стать 11:
6. Военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, предоставляются учебные отпуска для подготовки к вступительным испытаниям и прохождения вступительных испытаний при приеме на обучение по образовательным программам среднего профессионального образования и высшего образования, прохождения промежуточной и итоговой аттестации по указанным образовательным программам в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации.
То, что гарнизонный суд вынес решение не в пользу военнослужащего, не означает, что по Вам будет вынесено аналогично решение. Вопрос, я повторяюсь, спорный.
С уважением!
Цитата из статьи «Предоставление учебных отпусков военнослужащим (Валова С.) (»Силовые министерства и ведомства: бухгалтерский учет и налогообложение", 2016, N 12)