Здравствуйте, Алёна!
С учётом того, что на самом деле Вы на поезде не ездили к месту учёбы и обратно, Вам компенсировали этот проезд необоснованно. Эту выплату придётся вернуть работодателю.
Касаемо ст. 327 УК РФ, сказать однозначно сложно, поскольку Вы недостаточно подробно описали свою ситуацию. Если Вы в заявлении на компенсацию проезда указали, что двигались к месту учебы и обратно поездом, но потеряли билеты и взамен билетов предоставили справку о стоимости билетов, полученную на вокзале, хотя это заведомо для Вас не так, то сами Ваши действия более подходят под статью 159.2 «Мошенничество при получении выплат».
1. Мошенничество при получении выплат, то есть хищение денежных средств или иного имущества при получении пособий, компенсаций, субсидий и иных социальных выплат, установленных законами и иными нормативными правовыми актами, путем представления заведомо ложных и (или) недостоверных сведений, а равно путем умолчания о фактах, влекущих прекращение указанных выплат
Если я правильно понял ситуацию, не будет состава ст. 327 УК РФ, т.к. сама по себе справка с вокзала не содержит ложных сведений, а содержит только сведения о стоимость конкретного рейса в нужный Вам день. Но даже если справка, полученная Вами, содержит сведения о том, что Вы ехали на конкретном поезде, который стоил конкретную суммы, то всё равно, считаю, что это ч. 1 ст. 159.2 УК РФ.
Извините, что расстроил. Но это моё мнение по Вашей ситуации, исходя из которого я бы не дожидался последствий или каких-то требований, а лучше добровольно вернул в кассу, выплаченные деньги за проезд, чтобы работодатель не имел к Вам имущественных претензий. Может на этом ситуация и закончится.