Как уволиться по собственному желанию, если начальник грозит невыплатой зарплаты?

Здравствуйте. Увольняйтесь спокойно. При отказе скажите начальнику, что пожалуетесь в прокуратуру, инспекцию по труду. Ст. 80 ТК РФ

Работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели, если иной срок не установлен настоящим Кодексом или иным федеральным законом. Течение указанного срока начинается на следующий день после получения работодателем заявления работника об увольнении.
По соглашению между работником и работодателем трудовой договор может быть расторгнут и до истечения срока предупреждения об увольнении

Вам обязаны выплатить всё за фактически отработанное время. При  невыплатах Вы можете обратиться в указанные инстанции, ну и в суд.

Здравствуйте Александр! Пишете заявление на имя руководителя об увольнении по собственному желанию за две недели до даты желаемого увольнения, таким образом Вы предупреждаете работодателя о своем намерении расторгнуть трудовой договор в соответствии со ст.80 ТК РФ. За задержку выплаты заработной платы, выплат по увольнению работодателю в соответствии со ст. 236 ТК РФ предусмотрена материальная ответственность.

Так, что если решили расторгнуть трудовые отношения смело увольняйтесь, в случае задержки заработной платы обратитесь в трудовую инспекцию.