Ольга, добрый день!
ФСС прав. Согласно ст. 14 Федерального закона «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством» от 29.12.2006 N 255-ФЗ
Если застрахованное лицо на момент наступления страхового случая работает на условиях неполного рабочего времени (неполной рабочей недели, неполного рабочего дня), средний заработок, исходя из которого исчисляются пособия в указанных случаях, определяется пропорционально продолжительности рабочего времени застрахованного лица.
В расчет пособия по беременности и родам берется средняя заработная плата за два года, предшествующих году наступления отпуска по беременности и родам. Поскольку Вы работали в 2018 и 2017 годах на 0,25 ставки, то пособие рассчитывается исходя из 0,25 ставки, а не из полной ставки (минимальной заработной платы).