Добрый день!
Так как работы выполнены в срок Вы имеете право обратиться в Арбитражный суд с иском о взыскании задолженности а так же пени, предусмотренной условиями государственного контракта за просрочку оплаты выпиленных работы.
Так как односторонний отказ от исполнения обязательств недопустим, согласно ст. 310 ГК РФ
ч. 5 ст. 34 44-ФЗ гласит 5.
В случае просрочки исполнения заказчиком обязательств, предусмотренных контрактом, а также в иных случаях неисполнения или ненадлежащего исполнения заказчиком обязательств, предусмотренных контрактом, поставщик (подрядчик, исполнитель) вправе потребовать уплаты неустоек (штрафов, пеней). Пеня начисляется за каждый день просрочки исполнения обязательства, предусмотренного контрактом, начиная со дня, следующего после дня истечения установленного контрактом срока исполнения обязательства. Такая пеня устанавливается контрактом в размере одной трехсотой действующей на дату уплаты пеней ключевой ставки Центрального банка Российской Федерации от не уплаченной в срок суммы. Штрафы начисляются за ненадлежащее исполнение заказчиком обязательств, предусмотренных контрактом, за исключением просрочки исполнения обязательств, предусмотренных контрактом. Размер штрафа устанавливается контрактом в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.
Основания для предъявления каких либо требований к главному бухгалтеру нет, в любом случае действия его обусловлены позицией руководства предприятия заказчика, да и вообще правовые основания в данной ситуации отсутствуют. Это исключительно экономический спор, самым правильным решением это иск к заказчику.
Удачи Вам!