Здравствуйте, при условии что работник временно не исполнял трудовые обязанности заработная плата может учитываться не за месяц, а за квартал, также учитывая что отчетность сдается поквартально проверка будет вестись исходя из заработной платы за квартал.
1.4. При наличии перерыва в осуществлении трудовой деятельности в Российской Федерации высококвалифицированным специалистом, указанным в подпункте 1, 1.1, 2.1 или 3 пункта 1 настоящей статьи, в связи с его болезнью, пребыванием в отпуске без сохранения заработной платы или другим обстоятельством, вследствие которого за период указанного перерыва выплата ему заработной платы не производилась либо производилась не в полном объеме, условие привлечения данного высококвалифицированного специалиста к трудовой деятельности в Российской Федерации в части размера получаемой им заработной платы считается соблюденным, если совокупная величина его заработной платы за три календарных месяца в течение отчетного периода составляет трехкратную сумму ежемесячного размера его заработной платы, установленного соответствующим подпунктом пункта 1 настоящей статьи.
ст. 13.2, Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ (ред. от 27.12.2018) «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации»
Вы не указываете в каком именно отпуске находился вкс, если это был очередной отпуск то вероятно он будет подпадать под случаи когда заработная плата выплачивалась не в полном объёме, судебные практики по вопросу ещё нет, поэтому лучше создать ситуацию прямо указанную в законе, задним числом отправив вкс в отпуск без сохранения заработной платы( срок отпуска значения не имеет).
При соблюдении формальных условий перерыва трудовой деятельности, будет возможность учесть заработную плату за весь квартал соответственно за квартал вкс должен получить более 501 000, следовательно, ему нужно увеличить заработную плату, каким образом это сделать не имеет принципиального значения, можно заключить дополнительное соглашение об увеличении заработной платы, можно выплатить ему квартальную премию, можно назначить бонус по результатам работы, главное чтобы за квартал он получил больше указанной суммы.
При этом начисление премии(повышение зарплаты) формально должно быть в течение отчетного квартала, а фактическая выплата денежных средств может быть перенесена на следующий месяц.
При этом жестких требований к срокам выплаты заработной платы не установлено, практики еще нет, но логично предположить если к моменту направление отчета вкс получит причитающиеся деньги, то требования законодательства будут соблюдены.
13. Работодатели и заказчики работ (услуг), указанные в пункте 5 настоящей статьи, обязаны ежеквартально не позднее последнего рабочего дня месяца, следующего за отчетным кварталом, уведомлять федеральный орган исполнительной власти в сфере внутренних дел или его уполномоченный территориальный орган об исполнении обязательств по выплате заработной платы (вознаграждения) высококвалифицированным специалистам.
ст. 13.2, Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ (ред. от 27.12.2018) «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации»