Здравствуйте, Алексей.
Закупка услуг по заправке картриджей должна проводиться по цене единицы услуги. В этом случае, удаление из спецификации каких-либо позиций никакого влияния на вас не окажет, т.к. заказчик просто не будет заказывать их заправку.
В любом случае изменение спецификации без согласования с вами не соответствует положениям Федерального закона от 04.05.2013 № 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд».
Предварительно можно говорить о нарушении заказчиком требований закона в части порядка заключения контракта. Чтобы дать более точный ответ, нужно ознакомиться с закупкой и контрактом. Обратитесь ко мне в чат и я постараюсь вам помочь.