Добрый день, Марсель!
В случае изменения паспортных данных учредителей (участников) и генерального директора регистрирующий орган обеспечивает внесение указанных сведений в ЕГРЮЛ на основании имеющихся у него сведений о паспортных данных и местах жительства физических лиц, полученных от органов, осуществляющих выдачу или замену документов, удостоверяющих личность гражданина РФ на территории РФ либо регистрацию физических лиц по месту жительства, не позднее пяти рабочих дней со дня их получения (п. 4 ст. 5 Закона N 129-ФЗ, п. 7.1 Приложения N 20 к Приказу ФНС России от 25.01.2012 N ММВ-7-6/25@).
Таким образом, в случае изменения паспортных данных генерального директора уведомлять об этом налоговый орган организации не требуется. Регистрирующий орган самостоятельно внесет необходимые изменения в ЕГРЮЛ на основании полученных от компетентных органов сведений.
Однако следует обратить внимание, что если генеральный директор является иностранным гражданином, то сообщить в регистрирующий орган об изменении его паспортных данных все же придется, поскольку такие сведения в рамках межведомственного взаимодействия в данный орган не поступят. Указанные сведения следует сообщить в течение трех рабочих дней с момента их изменения (п. 5 ст. 5 Закона N 129-ФЗ).
Если Ваш Генеральный директор не подпадает, под описанную выше ситуацию, то считаю возможным вначале обратиться с претензией в Налоговые органы, и в случае не удовлетворения претензионных требований, обжаловать действия ФНС в суде.
Если Вам нужна более подробная консультация по данному вопросу, либо помощь в составлении документов – обращайтесь ко мне в чат. Услуги в чате оказываются на платной основе.