Михаил, здравствуйте.
Оплата по договору купли-продажи должна производиться продавцу доли. Между покупателем и юридическим лицом (ООО) отсутствуют договорные отношения, следовательно, у покупателя отсутствуют правовые основания для перечисления денег на счет ООО. В свою очередь для ООО эти деньги будут являться неосновательным обогащением.
В соответствии со ст. 1102 ГК РФ:
Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.
Что касается причин, по которым покупателю делают столь странное предложение — о них можно только предполагать.
Риски же для покупателя следующие. Денежные средства будут выведены со счетов ООО, поэтому взыскать неосновательное обогащение не получится, т.е. решение суда будет в пользу покупателя, но фактически оно будет неисполнимо. При этом деньги в оплату доли продавцу доли не поступили, и либо придется заплатить повторно, либо договор может быть расторгнут. Нет никаких гарантий, что ООО перечислит деньги продавцу доли.