Здравствуйте, Владимир.
Срок исковой давности начинает течь со дня, следующего за последним днем срока передачи объекта дольщику. То есть после даты до которой должны были построить (по смыслу Определения СК по гражданским делам Верховного Суда РФ от 5 декабря 2017 г. N 77-КГ17-31).
То есть в вашем случае срок исковой давности начал течь 01.04.2016. Таким образом, он закончиться 01.04.2019 и вы можете подать иск о взыскании неустойки.
Я бы советовал вам послать застройщику претензию с требованием выплаты этой неустойки ценным письмом с описью вложений. Это лучше сделать незамедлительно. Если застройщик не выплатит вам неустойку добровольно, то можно будет требовать в суде взыскания за это штрафа в размере 50 % от присужденоой суммы неустойки.
Статья 13 Закона РФ от 07.02.1992 N 2300-1 (ред. от 29.07.2018) «О защите прав потребителей»:
6. При удовлетворении судом требований потребителя, установленных законом, суд взыскивает с изготовителя (исполнителя, продавца, уполномоченной организации или уполномоченного индивидуального предпринимателя, импортера) за несоблюдение в добровольном порядке удовлетворения требований потребителя штраф в размере пятьдесят процентов от суммы, присужденной судом в пользу потребителя.
По поводу пункта, что претензий не имеете. Скажите суду/напишите в исковом заявлении, что отсутствие акта препятствовало оформлению права собственности на квартиру, в связи с этим вы были вынуждены подписать акт приема-передачи квартиры, текст которого был составлен застройщиком.
Из документов нужны: договор участия в долевом строительстве, платежное поручение, по которому деньги застройщику перечислили, копию претензии(которая выше), почтовые документы, что отправили претензию и др.