Здравствуйте, Оксана.
К сожалению, данная проблема может быть не разрешима, если не удастся получить согласие второго собственника. И даже при наличии письменного согласия может потребоваться личное присутствие второго собственника (зависит от основания для вселения третьего лица).
Вероятнее всего, дом находится в долевой собственности, наличие двух входов в дом не означает, что каждая из частей дома является отдельным объектом недвижимости — жилым помещением. В данном случае, очевидно, жилым помещением является весь дом, а значит, на вселение требуется согласие всех сособственников.
Нормативный акт:
Приказ МВД России от 31.12.2017 N 984
«Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации»