Здравствуйте! Заключаю договор с компанией, чтобы она выкупила для меня лот с торгов аукциона по банкротству

Андрей, здравствуйте. 

Это и так предусмотрено законом, но всё же:

1.5. Права и обязанности по сделкам, совершенным Агентом в соответствии с настоящим Договором, возникают непосредственно у Принципала. 

То есть права и обязанности на объект, выплаты и т.п. возникают именно у вас. 

по п. 3.2. у вас срок оплаты в течение 3 дней со дня признания Агента победителем торгов. У вас хватит времени? Рекомендую указать, что днем осуществления оплаты считается списание денег со счёта Принципала. 

Договор в целом кажется довольно небольшим, все финансовые условия — доп. соглашении — тоже коротко. 

Полагаю, что задаток в любом случае вернется к Агенту как к участнику торгов — настоятельно рекомендую указать в договоре конкретный счёт, на который агент должен будет вывести задаток — ваш. 

По присвоению объекта — вообще про передачу ничего нет. Рекомендую указать на обязанность агента передать объект в течение (срок). 

Также стоит указать, что при отсутствии / просрочке оплаты с вашей стороны агент всё равно обязуется передать объект — чтобы спор уже шел за деньги, а не за удержание объекта. 

Андрей, добрый день! Нет, в данном случае агент выступает от своего имени и за счет принципала. Согласно ст. 1011 ГК РФ

К отношениям, вытекающим из агентского договора, соответственно применяются правила, предусмотренные главой 49 или главой 51 настоящего Кодекса,в зависимости от того, действует агент по условиям этого договора от имени принципала или от своего имени,

соответствено поскольку агент действует от своего имени, применяются положения главы 51 ГК РФ согласно котрой, в частности ст. 996 гК РФ

 Вещи, поступившие к комиссионеру от комитенталибо приобретенные комиссионером за счет комитента, являются собственностью последнего.

соответственно имущество, поступившее к агенту в рамках исполнения агентского договора является собственностью принципала, в том числе и предоставленный задаток. Касательно п. 1.5 договора тут есть противоречие со ст. 1005 ГК РФ согласно которой

По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от своего имени и за счет принципала, приобретает права и становится обязанным агент, хотя бы принципал и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки.

Принципал поручает, а Агент принимает на себя обязательство за вознаграждение совершить от своего имени, но за счет Принципала комплекс юридических и фактических действий, направленных на приобретение имущества для Принципала