Можно ли уволить по истечении контракта военного, в отношении которого заведено уголовное дело?

Добрый день. Факт возбуждения уголовного дела не является основанием для увольнения военнослужащего, поскольку такого основания не предусмотрено ст. 51 ФЗ «О воинской обязанности....», 

Военнослужащего можно уволить только после вступления приговора суда в отношении военнослужащего и назначение наказания в виде лишения свободы реального или условного. 

В вашем случае увольнение должно быть по другому основанию:

 п.б ч. 1 ст. 51. ФЗ «О воинской обязанности..»:

1. Военнослужащий подлежит увольнению с военной службы:
б) по истечении срока военной службы по призыву или срока контракта;