Здравствуйте Денис.
Если речь идет о стимулировании в рамках трудовых правоотношений с генеральным директором, то необходимо внести изменения в положение об оплате труда, также можно внести соответствующие дополнения в трудовой договор с ним.
Статья 57 Трудового кодекса рф:
Обязательными для включения в трудовой договор являются следующие условия:
условия оплаты труда (в том числе размер тарифной ставки или оклада (должностного оклада) работника, доплаты, надбавки и поощрительные выплаты);
Статья 135 Трудового кодекса РФ:
Системы оплаты труда, включая размеры тарифных ставок, окладов (должностных окладов), доплат и надбавок компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, системы доплат и надбавок стимулирующего характера и системы премирования, устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.
Нужно именно отдельное соглашение, без внесения в трудовой договор.
Также указание на данный порядок стимулирования обязательно должно быть включен в условия коллективного договора в порядке статьи 40 Трудового кодекса РФ: