Анастасия, добрый день!
Скорее всего, бывший работодатель Вас просто пугает.
Если работодатель и обратится в полицию, то по факту его заявления в ходе предварительной проверки материала будет вынесено постановление об отказе в возбуждении уголовного дела за отсутствием события преступления.
Уголовный кодекс Вы не нарушали, значит возможна только гражданско-правовая ответственность через суд. По факту полиция такими делами заниматься не будет.
Если работодатель имеет к Вам финансовые претензии, то пусть оформит их письменно и направит в Ваш адрес. Но работодатель попросту не будет писать претензию, поскольку у него нет доказательств ошибочного начисления Вам заработной платы, т.к. большую часть времени Вы работали неофициально. Пусть попробует доказать иное.
Можете ещё сказать, что если звонки не прекратятся, обратитесь в трудовую инспекцию и сообщите там о том, что у них работники работают неофициально.