Здравствуйте, Наталья!
К сожалению, инспектор прав, поскольку лимит по налоговому вычету при продаже квартиры устанавливается в 1 миллион рублей.
ст. 220 НК РФ
2. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:
1) имущественный налоговый вычет предоставляется:
в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей;
При этом, сумма при вычете 1 000 000 рублей распространяется на продажу каждой доли, соответственно, если бы было оформлено два договора по одному миллиону за каждую долю, то Вы могли бы получить вычет, который Вы указали в своем вопросе. Но так как вся сделка оформлена одним договором, то предельная сумма вычета 1 миллион рублей, применяется ко всей недвижимости целиком.
3) при реализации имущества, находящегося в общей долевой либо общей совместной собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле либо по договоренности между ними (в случае реализации имущества, находящегося в общей совместной собственности);
