Максим добрый день!
В договоре необходимо согласовать стоимость ремонта, который Вы будете делать и указать, что при расчете стоимости проживания будет учитываться, что ремонт делался за Ваш счет. Либо можно сделать 2 договора. Один на аренду, другой на выполнение ремонта в квартире. Стоимость у них необходимо написать одинаковую и в акте выполненных работ указать что средства необходимые к переводу на счет арендодателя идут в зачет средств вложенных в ремонт квартиры.
Однако, стоит заметить, что оба варианта могут вызвать спорные ситуации. Например, отказ арендодателя принимать в зачет платы за аренду стоимость ремонта, так как по его мнению ремонт выполнен не качественно или не теми материалами. Нужно согласовывать смету вплоть до названия материалов и хранить все чеки.