Здравствуйте, Дмитрий!
Согласно ст. 249 ТК РФ
в случае увольнения без уважительных причин до истечения срока, обусловленного трудовым договором или соглашением об обучении за счет средств работодателя, работник обязан возместить затраты, понесенные работодателем на его обучение, исчисленные пропорционально фактически не отработанному после окончания обучения времени, если иное не предусмотрено трудовым договором или соглашением об обучении.
В вашем соглашении предусмотрен иной порядок — полное возмещение, если не отработали 3 года.
Однако в некоторых случаях суды признают подобные условия ухудшающими положения работника и взыскивают расходы на обучение пропорционально отработанному времени.
Что касается возмещения расходов на проезд, то практика тоже неоднозначная. Но в большинстве случаев, если командировочные расходы не были указаны в соглашении, в требование работодателя их возмещать суды отказывают.