Здравствуйте, Роман.
я прошёл медкомиссию в ежегодном оплачиваемой отпускеРоман
а вас работодатель приказом обязал пройти медосмотр именно в период отпуска? Если да, то вам следовало, конечно, предварительно обсудить с работодателем отзыв вас из отпуска для прохождения медосмотра.
Если отзыва из отпуска не было, то в табеле учета рабочего времени не может одновременно стоять код отпуска и код медосмотра, оба этих периода оплачиваются «по среднему», но расчет среднего заработка производится по разным формулам. Однако, в этой ситуации при наличии спора хотя бы можно ссылаться, что вас обязали пройти медосмотр именно в период отпуска.
Если же это была ваша личная инициатива, то я не вижу оснований для оплаты вам дня прохождения медосмотра дважды — и как дня отпуска, и как дня медосмотра.
Если вам нужно более подробно обсудить свою проблему, можете обратиться ко мне в чат в рамках платной услуги (стоимость согласовывается в чате).